公司不能对员工罚款，因为罚款是行政处罚。若违规罚款，员工可申请劳动仲裁。《中华人民共和国劳动法》规定，公司非行政机关，无权罚款。若公司擅自罚款，将破坏劳动关系和谐，损害员工权益，可能导致法律纠纷。
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公司应通过与员工协商或遵循法律途径处理。对于不合理罚款，可先尝试与员工或工会协商和解；协商不成，则申请劳动仲裁；对仲裁不满，再提起诉讼。选择方式应基于实际情况和法律规定。
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公司应合法处理罚款问题。具体操作：1.与员工沟通，解释罚款原因，若不合理则撤销；2.若员工提出异议，协商或请工会调解；3.协商无果，指导员工向劳动仲裁委申请仲裁，准备相关证据；4.如仲裁结果不利，考虑是否向法院提起诉讼，维护公司或员工合法权益。